Após dez anos de testes de armas nucleares, os Estados Unidos realizaram seu ambicioso teste "Castle Bravo". Munidos de um novo e melhorado combustível de deutereto de lítio, os cientistas esperavam um rendimento melhor que as armas anteriores. O que eles não esperavam era a devastação que veio em seguida.

 Quase três quartos do planeta foram irradiados e as correntes marítimas superaquecidas desencadearam um rápido derretimento das calotas polares. Os líderes mundiais que sobreviveram se juntaram para construir uma enorme Flotilha com a finalidade de servir como o último bastião de civilização da humanidade.

 Sendo um dos últimos grandes capitães deste mundo, você está trabalhando para trazer prosperidade à Flotilha, que abriga o que restou da civilização humana. Você explorará a nova face do oceano, recuperará tudo o que conseguir nas profundezas, resgatará sobreviventes que encontrar pelo caminho, formará a sua tripulação, ganhará influência para as guildas que governam a Flotilha... e, quem sabe, por fim, pegará o que obteve e adicionará tudo à Flotilha, juntando-a à sua Embarcação e continuando a construir o novo mundo! 

 Flotilla tem dois modos de jogo distintos: o Lado Submarino e o Lado Sideral. Todos os jogadores começam o jogo no Lado Submarino, mas podem optar por trocar para o Lado Sideral a qualquer momento. Ao fazer isso, você trocará vários componentes do jogo para o outro lado e cumprirá uma função completamente diferente pelo resto do jogo!

O Lado Submarino

• Acesso facilitado para obter Recursos e explorar novas Peças de Oceano.
• Obtenção de moedas com a venda de Recursos para o Mercado e uso das moedas para construir Postos Avançados.

O Lado Sideral

• Acesso facilitado a moedas, mas os Recursos geralmente só são adquiridos por meio de compras no Mercado.
• Requer Recursos para construir Peças de Embarcação na Flotilha.